W roku 1364 Król Polski Kazimierz Wielki dał początek studium generale tym samym ustanawiając jeden z najstarszych uniwersytetów w środkowej Europie. Wśród historyków trwały i trwają po dzień dzisiejszy spory co do faktycznego kształtu uczelni i miejsca funkcjonowania jej wydziałów. Nie brakowało również takich, którzy powątpiewali, czy fundacja królewska w ogóle doszła do skutku. Zachowując należną w takich wypadkach ostrożność należy jednak przyjąć, że studium generale zaczęło swą historię już za ostatniego władcy z dynastii Piastów i że było studium pełnym, a więc ze wszystkimi czterema wydziałami, czyli z wydziałem lekarskim włącznie. Nie ulega również wątpliwości że śmierć Kazimierza w 1370 podcięła egzystencję młodziutkiego uniwersytetu i wiele za tym przemawia, w ciągu ledwie paru lat nastąpił faktyczny jego upadek. Tylko zrządzeniem szczęśliwego losu, dzięki hojności błogosławionej Jadwigi, królowej Polski i determinacji króla Jagiełły by wolę małżonki spełnić przywołano ideę i restytuowano Akademię Krakowską w roku równo 1400. Z tą chwilą, już w nieprzerwanym następstwie lat trwa uniwersytet, na cześć swych fundatorów i protektorów, zwany Jagiellońskim, a w nim od samego początku miał trwałe i znaczące miejsce wydział lekarski.
U zbiegu dzisiejszych ulic św. Anny i Jagiellońskiej wykupiono budynki, które stały się siedzibą odrodzonej akademii. Stanowią one dzisiaj gmach Collegium Maius, w którym to na parterze w osobnych salach powstało Lektorium Galena. To najstarsze znane nam z nazwy miejsce cursus medicus, czyli wykładów medycyny i tu należy nam szukać prapoczątków krakowskiej ars medica.
Rok 1428 przyniósł ze sobą kolejną informację o tym, że oto w Krakowie działa już kolegium medyków ze stałą dla siebie siedzibą. Udało się ustalić, że domo medicorum znajdował się w pobliżu istniejącego po dziś dzień budynku kolegium prawniczego – Collegium Iuridicum, a zatem przy ulicy Grodzkiej. O ile jednak prawnicy gmach swój mieli z kamienia i cegły, to medycy siedzibę otrzymali drewnianą. Pożar w roku 1717 strawił ją doszczętnie, wraz z bezcennymi dla historii aktami wydziału lekarskiego. Dlatego często stajemy bezradni wobec naszych pytań o jego początki, a dzieje pierwszych wieków istnienia krakowskiej medycyny pełne są luk i niedomówień. Stąd nierzadko skazani jesteśmy bardziej na domysły niż wsparci rzetelną wiedzą.
Można przypuszczać, że młoda uczelnia potrzebowała przede wszystkim profesorów. Zdają się o tym świadczyć teksty ustaw z roku 1433 nakazujących każdemu medicusowi, który odbył studia na zagranicznych uniwersytetach nostryfikować swój dyplom w krakowskiej wszechnicy. Trzeba pamiętać, że nostryfikacja była równoznaczna z wcieleniem w szeregi członków wydziału. Nakaz ten przyniósł jak się wydaje pożądany efekt, a nawet musiał przekroczyć łożone w nim oczekiwania. Już w drugiej połowie XV stulecia liczba profesorów była z większa niż potrzeby i możliwości obsady dwóch katedr. Niemniej jednak, z katedrą czy bez profesor miał głosić wykłady. Ci, którym katedry powierzono, zyskiwali stałe uposażenie i nosili wyróżniający ich tytuł lector ordinarius in medicinis. Pozostali musieli zadowolić się tytułem lector medicinae oraz zaszczytem głoszenia nauk, bo o wynagrodzeniu nie było mowy.
Pierwszym znanym nam z imienia profesorem medycyny był Jan Cro (zm. 1454), rodem z Chociebuża, który w roku 1419 sprawował funkcje rektorskie. W roku 1425 rektorem został wybrany kolejny medyk, Jan de Saccis (ok. 1370-1433/34), z pochodzenia Włoch, który był opiekunem kolegium medycznego, jak również, co najistotniejsze, wychowawcą aż czterech polskich doktorów, których promocje odbyły się w krakowskiej uczelni. W przyszłości trzech z nich będzie kierować katedrami medycyny, a Mikołaj Oszkowski zostanie w przyszłości przybocznym medykiem króla Władysława Jagiełły. Można więc wprost mówić o pierwszej krakowskiej szkole medycznej, szkole Jana de Saccisa.
Im więcej lat przybywało w XV stuleciu, tym więcej w kronikach uniwersyteckich odnotowanych postaci związanych z wydziałem lekarskim. Oto wyłania się sylwetka Hermana z Przeworska, który w latach czterdziestych wykładał medycynę wedle antycznych autorytetów, ale tak mocno zabarwioną astrologią, że po prawdzie musiała to być wcale oryginalna edukacja. Z kolei Jan z Dobrej (zm. 1447) spisywał wybrane fragmenty z traktatów Hipokratesa, Galena i Razesa, które specjalnie opracowywał na potrzeby studiów. Dzieło Jana zachowało się w jednym z kodeksów Biblioteki Jagiellońskiej.
To czego nie udało się historykom rozstrzygnąć, to ilości istniejących wówczas katedr medycyny. Przypuszcza się, że w XIV stuleciu była tylko jedna. Dopiero od roku 1505, dzięki fundacji Macieja z Miechowa, powołano do życia drugą katedrę.
XVI stulecie było dla wydziału lekarskiego, jak i zresztą całego uniwersytetu, nadzwyczaj pomyślnym. Nie przez przypadek nosi ono w historii Polski miano Złotego wieku. To właśnie wówczas powstają nowe katedry medycyny, a nowe ustawy z roku 1525 i 1536 , zapewniały porządek w nauczaniu, dawały trwałe podstawy finansowe i nakładały szereg rygorów. Wykład medycyny miał się odtąd dzielić na dwie wyraźne części – medycynę teoretyczną i medycynę praktyczną. Awicenna miał być czytany i komentowany podczas nauki wstępnej oraz dla potrzeb anatomii i fizjologii. Patologia, terapia oraz dietetyka nauczana była na podstawie pism Galena. Korzystano również z aforyzmów Hipokratesa. Co się tyczy części praktycznej to ponownie odwoływano się do Avicenny, jak również sięgano do nauk innego arabskiego lekarza, Rhazesa. Teorię i praktykę wykładało dwóch odrębnych profesorów. Wspomagali ich w tym ubiegający się o stopień doktora bakałarze. Pojawiają się bowiem znaczący lekarze podniesieni do godności doktorskiej – Adam z Brzezin, Mikołaj Sokolnicki i Szymon z Szamotuł.
Dzięki hojności Piotra z Poznania, mogły w drugiej połowie XVI wieku powstać dwie kolejne katedry na wydziale lekarskim. Z kolei w początkach XVII stulecia Jan Zemełka (1539-1607), znany też jako Zemełko lub Zemeli dał legat, dzięki któremu stało się możliwe utworzenie pierwszej na ziemiach polskich odrębnej katedry anatomii. I kiedy się wydawało, że z tyloma katedrami i tak dobrze uposażonymi wydział powinien rozkwitać, następował powolny lecz nieubłagany upadek. Gościły jeszcze w tych murach wielkie nazwiska Szymona Syreńskiego (1540-1611) zwanego Syreniuszem czy Sebastiana Petrycego z Pilzna (1554-1626), nie brakowało znamienitych profesorów jak Stanisław Wosiński (1644-1694), lecz w niczym nie zmieniało to faktu, że wydział lekarski i cała uczelnia w ogólności pogrążała się w słabości. Zabrakło determinacji w zarządzaniu finansami, nie było osób mających szerszą wizję uczelni i konieczną do przeprowadzenia reform wolę. Nie można też nie zauważyć, że od połowy wieku XVII kryzys polityczny i gospodarczy trawił już cały kraj.
Wiek XVIII to już całkowita zapaść. Akademia staje się zwierciadłem ogólnego rozprzężenia i niemożności, w jakich pogrąża się Rzeczpospolita Obojga Narodów. Mocno spóźnione otrzeźwienie przychodzi wraz z Komisją Edukacji Narodowej i Hugonem Kołłątajem, który powierza konieczne dzieło ożywienia wydziału lekarskiego Jędrzejowi Badurskiemu . Ten zaś wskazał na Rafała Józefa Czerwiakowskiego, jako głównego sojusznika w tworzeniu podstaw nauczania klinicznego na ziemiach polskich. Badurski, wykształcony we Włoszech, w pełni rozumiejący nowatorstwo ówczesnej szkoły wiedeńskiej, którą później nazwą „starszą” albo „pierwszą”, nakazał by w Krakowie rozpocząć nauczanie studentów przy łóżku chorego. To co dzisiaj jest oczywistością, wówczas było nowym wyzwaniem rzuconym wielowiekowym przyzwyczajeniom i utartym dogmatom. Klinika lekarska stawała się faktem. Był wówczas rok 1780.
Reforma zakładała, że w miejsce dotychczasowego wydziału lekarskiego zostanie utworzone odrębne Kolegium, które wejdzie w skład Szkoły Głównej Koronnej (dawnej Akademii Krakowskiej). Pięciu profesorów, w oparciu o nowoczesne opracowania podręcznikowe, miało odtąd nauczać na pierwszych latach przedmiotów teoretycznych takich jak anatomia, fizjologia, farmacja i materia lekarska. Starsi studenci poświęcać się odtąd będą praktyce lekarskiej w trzech nowopowstałych klinikach – chorób wewnętrznych, chirurgii i położnictwa. Siedzibą tych pierwszych na ziemiach polskich oddziałów klinicznych był gmach pojezuickiego Kolegium św. Barbary położonego tuż przy Małym Rynku . Później, w 1789 roku, jeszcze za życia Badurskiego wszystkie kliniki zostaną przeniesione poza granice ówczesnego Krakowa, na Wesołą (dzisiejsza Kopernika) do szpitala św. Łazarza.
Pomimo energii, woli oraz zdolności Badurskiego i Czerwiakowskiego, wspieranych w ich dziele przez Hugona Kołłątaja, nie danym było zbyt długo utrzymać wysokiego poziomu nauczania, a i profesura zaczęła się wykruszać. Państwo nieubłaganie chyliło się ku upadkowi, a jego kres był coraz bliższy. Nieudana insurekcja Kościuszki i podpisanie aktów rozbiorowych dopełniło losów Rzeczpospolitej Obojga Narodów. W 1796 roku do Krakowa wkroczyli Austriacy.
Austriacy pochłonięci administrowaniem zagarniętych ziem polskich, przez pierwszych parę lat swoich rządów nie wprowadzali żadnych istotnych zmian w funkcjonowaniu uczelni, a co za tym idzie również wydziału lekarskiego. Dopiero rok 1805 miał zaowocować nowymi regulacjami prawnymi. Wówczas w skład wydziału weszła część profesury z rozwiązanego właśnie uniwersytetu lwowskiego oraz profesorowie przybyli bezpośrednio z Wiednia. Trzeba w tym miejscu przyznać, że te posunięcia zaborcy przyniosły więcej korzyści niż szkód. Zwiększona liczba profesorów i asystentów umożliwiła rozbudowę wydziału o nowe trzy katedry; położnictwa, medycyny sądowej i policji lekarskiej oraz weterynarii. Wśród przybyłych do krakowskiej Akademii nie zabrakło nazwisk wybitnych, jak Jan Nepomucen Rust (1775-1840), późniejszy twórca potęgi berlińskiej szkoły chirurgii czy Alois Vetter (1765-1806). Wykłady odbywały się po łacinie, podobnie jak i egzaminy. Wykluczyć nie można, iż był to zaczyn nowej chwały uczelni, gdyby nie to, że Europa pogrążała się znowu w odmętach wojen, które historycy nazywać będą „napoleońskimi”. Niespokojny czas nie sprzyjał nauce. Rok 1809 miał przynieść kolejny wstrząs i kolejne zmiany.
Klęska Austriaków w wojnie 1809 roku zmusiła Wiedeń do rezygnacji z części ziem polskich. Tym sposobem Kraków znalazł się w granicach Księstwa Warszawskiego, a uniwersytet ponownie był polską uczelnią. Nowopowstałe ministerstwo szkolnictwa zwane Izbą Edukacyjną przejąwszy władzę nad Akademią początkowo nie wprowadzało żadnych istotnych zmian w organizacji jej Wydziału Lekarskiego. Jednak w roku 1811, po szeregu dyskusjach i projektach uznano, że ze względów na konieczność oszczędności finansów, ale także kierując się przejrzystością nauczania, wszystkie wykładane przedmioty postanowiono zgrupować w 6 katedrach. Poza historią medycyny i kliniką lekarską, gdzie obowiązywała łacina, resztę przedmiotów nauczano po polsku. Trudno jednoznacznie ocenić jakie korzyści, a jakie straty taki podział mógł wówczas przynieść. Wielka wojna 1812 roku, która wciągnęła w swój wir Księstwo Warszawskie praktycznie sparaliżowała życie uczelni. Większość studentów przywdziała wojskowe mundury i ruszyła na front. Mobilizacja nie ominęła nawet profesorów. Nie dziwi zatem, że w roku akademickim 1812/1813 zajęcia na wydziale po prostu zawieszono. Co prawda wznowiono je już w roku następnym, ale dla wszystkich było jasne, że nie jest to czas sprzyjający uczelni.
Rok 1815, rok ostatecznej klęski Napoleona pod Waterloo i zamknięcia obrad kongresu pokojowego w Wiedniu, który zaprowadzał porządek w Europie, jest także datą narodzin Wolnego Miasta Krakowa. Nadchodził po raz kolejny wstrząs w życiu miasta i uniwersytetu. Wydział Lekarski miał teraz liczyć 7 katedr. Wykładano następujące przedmioty; anatomię teoretyczną i praktyczną, fizjologię, patologię ogólną i szczegółową , terapię ogólną i szczegółową, chirurgię teoretyczną i praktyczną, okulistykę, położnictwo, farmację i farmakodynamikę, medycynę sądową, weterynarię i historię medycyny. Prawdziwym zmartwieniem był stan ówczesnych klinik lekarskich, które znajdowały się w trudnym położeniu ekonomicznym. Na domiar złego wydłużał się i wydawał się nie mieć końca konflikt uczelni z siostrami zakonnymi, pełniącymi posługę przy chorych. Dopiero mianowanie w roku 1823 profesorem chorób wewnętrznych Macieja Józefa Brodowicza (1790-1885) miało tę sytuację uzdrowić. To dzięki jego staraniom udało się znaleźć dla nich nową siedzibę przy ulicy Kopernika 7. Za czasów Brodowicza klinika internistyczna liczyła 12 łóżek, chirurgiczna 8 łóżek, położnicza 4 łóżka.
W roku 1833 Uniwersytet, a wraz z nim wydział lekarski, przeszedł kolejną reorganizację. To wówczas powstały kolejne katedry – historii naturalnej i chemii. Tak oto wydział miał natenczas 9 profesorów i 6 adiunktów. Przeprowadzono również reorganizację programu samych studiów. Nauczanie prowadzono dla „uczniów niższego rzędu”, którzy mogli uzyskać stopień magistra chirurgii, magistra akuszerii lub farmacji oraz „uczniów wyższego rzędu”, czyli przyszłych doktorów medycyny i chirurgii. Ten podział utrzymał do końca istnienia Wolnego Miasta Krakowa.
Klęska powstania krakowskiego z 1846 roku skutkowała likwidacją autonomii i wcieleniem Krakowa do państwa austriackiego. W dwa lata później doszło do brzemiennych w skutki wypadków, które w historii zyskały miano Wiosny Ludów. Przez krótki czas wydawało się, że Kraków może odzyskać część utraconych praw i przywilejów. Niektórzy nawet roili o wolności i niepodległości. Początkowo zaskoczony gwałtownością i skalą wystąpień rewolucyjnych Wiedeń nie reagował, nowe władze zdawały się sprzyjać wielu zgłaszanym postulatom. W delegacji galicyjskiej udającej się do stolicy Habsburgów znalazł się profesor chirurgii Ludwik Bierkowski (1801-1860). Domagano się swobód, proszono o przywrócenie języka polskiego jako urzędowego. Austriacy zwlekali i dawali nadzieję, a następnie otoczyli Kraków wojskiem. Miasto zostało ostrzelane przez artylerię i po krótkich starciach zdobyte szturmem. Rozpoczął się czas represji. Z końcem roku 1852 wyszło odpowiednie rozporządzenie, nakazujące prowadzenie i protokołowanie posiedzeń senatu i rad poszczególnych wydziałów w języku niemieckim. Ograniczono także samorząd uczelni, a od stycznia 1854, mimo wyraźnego sprzeciwu części profesury, w tym odważnie występujących Józefa Dietla, Józefa Majera i Domańskiego, zaczął obowiązywać język niemiecki, jako jedyny język wykładowy i egzaminacyjny. Niektórzy, jak Majer, ostentacyjnie utrzymywali język narodowy na wykładach, inni obawiając się o swoje posady przechodzili na niemiecki. Dietl stał się wręcz symbolem oporu. Wybierany wpierw dziekanem, potem dwukrotnie rektorem uczelni niewzruszenie stał na stanowisku nie tylko przywrócenia języka polskiego na sale wykładowe, lecz również gwarantowanej jeszcze statutami Kazimierza Wielkiego autonomii uniwersytetu. Tego Austriakom było już za wiele. Tym właśnie należy uzasadnić bezprecedensową decyzję Wiednia, by Józefa Dietla przenieść wcześniej w stan spoczynku bez dania żadnego powodu. Stało się to w roku 1865. Tymczasem język polski powracał już na uczelnię, co prawda stopniowo, powoli i z oporami, ale jednak. W roku 1867 w wyniku głębokich reform w państwie, co skutkowało powstaniem Austro-Węgier, ziemie polskie pod zaborem austriackim uzyskały więcej swobód. Wraz z tym zmieniło się również położenie uniwersytetu, na którym w roku 1870 ostatecznie uznano język polski za jedyny język wykładowy, pozostawiając niemiecki jako język kontaktów z władzami austriackimi.
Druga połowa XIX wieku to czas nie tylko poważnych przemian politycznych, lecz również istotnych przemian w samej medycynie. Nowoczesna anatomia znalazła w Krakowie swego reprezentanta w osobie uczonego światowego formatu, jakim był Ludwik Karol Teichmann (1823-1895), nowopowstała katedra anatomii patologicznej miała wybitnych profesorów Alfreda Biesiadeckiego (1839-1889) i Tadeusza Browicza (1847-1928). Rozwija się dynamicznie fizjologia, najpierw pod kierunkiem Gustawa Piotrowskiego (1833-1884), później Napoleona Nikodema Cybulskiego (1854-1919). Także dyscypliny kliniczne zyskały wielkie osobowości. Chirurgia miała Jana Mikulicza Radeckiego (1850-1905), Ludwika Rydygiera (1850-1920) i Alfreda Obalińskiego (1843-1898), choroby wewnętrzne Józefa Dietla i Edwarda Korczyńskiego (1844-1905). Nie zabrakło również nowych, odpowiadającym wzrastającym potrzebom inwestycji. Przywołany już wcześniej Ludwik Karol Teichmann pozyskał grunty, pieniądze i konieczne zgody by zbudować słynne „Theatrum anatomicum” – najnowocześniejsze w tej części Europy. Przy ulicy Kopernika wzniesiony został nowy gmach dla kliniki chirurgicznej – znany dziś powszechnie pod nazwą „biała chirurgia „. Nieco wcześniej staraniem profesora Macieja Leona Jakubowskiego powstał pierwszy szpital pediatryczny w Krakowie, do dziś przyjmujący małych pacjentów św. Ludwika, który zlokalizowano przy ulicy Strzeleckiej. Na parceli przy ulicy Grzegórzeckiej Tadeusz Browicz wzniósł potężną budowlę – „Collegium Medicum”, która stała się siedzibą czterech zakładów- anatomii patologicznej, fizjologii, farmakologii i medycyny sądowej.
Rok 1900 kończący wiek XIX związany był z obchodami 500-lecia Jagiellońskiej fundacji krakowskiej uczelni. Obchody jubileuszu były okazałe. Jednym z wyraźnych ich akcentów było wzniesienie gmachu nowej kliniki internistycznej przy ulicy Kopernika 15, którego otwarcie nastąpiło jednak rok później. Data 1900 roku jest również datą oznaczającą początek istnienia Muzeum Historyczne Wydziału Lekarskiego, pierwszej wyspecjalizowanej w gromadzeniu przedmiotów zabytkowych, a związanych z medycyną instytucji. Pomysłodawcą i organizatorem tej instytucji był profesor interny, wybitny gastrolog, Walery Jaworski. Początkowe lata nowego stulecia przynoszą dalszy rozwój wydziału lekarskiego. W roku 1904 wyodrębniono z fizjologii katedrę i zakład histologii. W rok później inauguruje swój byt katedra neurologii i psychiatrii, której twórcą i pierwszym kierownikiem został profesor Jan Piltz (1870-1930). Od 1905 roku wychodzą ponownie „Roczniki Wydziału Lekarskiego UJ”, nad którymi pieczę sprawował Stanisław Ciechanowski (1869-1945), uczeń Tadeusza Browicza i późniejszy profesor anatomii patologicznej. Rok 1909 zaznacza się wydaniem pierwszego tomu Anatomii człowieka, autorstwa profesora UJ Adama Bochenka. W roku 1910 Adam Wrzosek wznowił stałe wykłady z historii medycyny.
Wybuch pierwszej wojny światowej i kolejne miesiące, a później lata jej trwania były dla uniwersytetu, w tym wydziału lekarskiego, trudne. Wielu studentów, asystentów i profesorów zostało zmobilizowanych. Zbliżający się front i przekształcenie miasta w „Twierdzę Kraków” zmieniło dotychczasowy status klinik uniwersyteckich, które musiały przekształcić się w szpitale wojskowe. Jednocześnie coraz częściej zaczynano dostrzegać realną szansę na wybicie się Polski na niepodległość. Coraz wyraźniejszy kryzys monarchii rozbiorowych wzmacniał nadzieje Polaków. W 1917 roku 138 profesorów i docentów podpisało się pod odezwą, w której domagano się wolnej i niepodległej ojczyzny, co miało też się niebawem ziścić.
Rok 1919 przyniósł plany reform wydziału lekarskiego. Katedr teoretycznych było wówczas 12, klinicznych 8. Dostrzegano jednak konieczność utworzenia dwóch dodatkowych tj. II katedry i kliniki chorób wewnętrznych oraz II katedry i kliniki chirurgii. Nową klinikę internistyczną objął prof. Józef Latkowski (1873-1948), chirurgiczną prof. Maksymilian Rutkowski (1867-1947). W latach 20. powstaną jeszcze m. in. katedry – II medycyny sądowej (prof. Jan Olbrycht), katedra bakteriologii (prof. Marian Gieszczykiewicz), wyodrębniona katedra farmakologii (prof. Janusz Supniewski), Katedra Historii i Filozofii Medycyny (prof. Władysław Szumowski). Zarówno uposażenie katedr teoretycznych, jak i klinik zdecydowanie się poprawiło, chociaż były też i problemy, z jakimi borykano się przy planowaniu i wykonaniu budowy nowych gmachów dla kliniki otolaryngologicznej i ginekologiczno-położniczej. Krótki, jak się miało trwający ledwie dwie dekady okres niepodległości spożytkowano dobrze i kreślono wielkie plany na przyszłość. Już wówczas przemyśliwano nad budową nowoczesnego kompleksu klinicznego, projektowano rozbudowę istniejących i powstających katedr i zakładów.
Wybuch drugiej wojny światowej załamał byt państwa. Wojska niemieckie zajęły Kraków dnia 5 IX 1939 roku. Początkowo życie uniwersyteckie, chociaż w zmienionych warunkach, biegło jeszcze starymi torami. 18 X miało miejsce zwyczajne posiedzenie wydziału lekarskiego, które prowadził ówczesny dziekan prof. Janusz Supniewski. Dyskutowano wówczas nad organizacją i reorganizacją funkcjonowania wydziału, oraz zakładów i klinik w zmienionej sytuacji. Kolejne posiedzenie rady odbyło się 3 XI. Uchwalono wówczas wniosek o trybie przyjmowania studentów na pierwszy rok studiów. Było to dokładnie na trzy dni przed masowym aresztowaniem, jakiego dokonali Niemcy, podstępnie zwabiając profesorów i docentów UJ na wykład i spotkanie do gmachu Collegium Novum. Jak się później okazało był to jeden z elementów szeroko zakrojonej akcji eksterminacyjnej o kryptonimie „AB”, której celem stała się cała polska inteligencja. Krakowscy uczeni zostali uwięzieni i zesłani do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen. Dla wielu starszych wiekiem był to de facto wyrok śmierci. Nieludzkich warunków i bestialskiego traktowania nie przetrzymał wybitny anatom prof. Kazimierz Kostanecki. Niemal wszyscy zapadli ciężko na zdrowiu. Większość już nigdy nie odzyskała sił.
Nie oznaczało to jednak by uniwersytet przestał istnieć. Reakcją na represje okupanta było przejście do konspiracji i stawianie oporu. Początkowo samorzutnie tworzono grupy samokształcenia i samopomocy, które później przybierały bardziej zorganizowaną formę. W maju roku 1942 w oparciu o zarządzenia Polskiego Państwa Podziemnego i w zgodzie z tradycją akademicką, z inicjatywy prof. M. Małeckiego powołano do życia Tajny Uniwersytet Jagielloński. W jego strukturze działał Wydział Lekarski (kryptonim „Pharma”), na którego czele stał prof. Stanisław Maziarski. W sumie studia na tajnych kompletach uczyło się ponad 100 medyków i ponad 100 farmaceutów.
W styczniu 1945 Armia Czerwona zajęła po krótkich i lokalnych walkach Kraków. Niemal natychmiast Uniwersytet Jagielloński wznowił swą oficjalną i już teraz legalną działalność. Z konspiracji wyszedł też Wydział Lekarski oraz Oddział Farmaceutyczny. Zakłady i kliniki uniwersyteckie były w opłakanym stanie. Niemcy przez cały okres wojny regularnie rabowali ich wyposażenie, a tego czego nie zdołano wywieźć, starano się niszczyć. Wojna zabrała wielu wybitnych uczonych, tragicznie przeorała całe młode pokolenie. Tylko dzięki ofiarności i poświęceniu takich ludzi jak prof. Franciszek Walter (1885-1950) udało się w tak szybkim tempie wznowić zajęcia. Nowy rok akademicki inaugurowano nietypowo, bo już w marcu 1945 roku. Napływała pomoc z zagranicy, szczególnie ze Stanów Zjednoczonych i Szwecji. Równocześnie, stopniowo, lecz z coraz większym naciskiem nowa komunistyczna władza dąży do podporządkowania sobie i kontroli życia na uczelni. Likwidowano lub przekształcano organizacje samorządu studenckiego, coraz większą rolę odgrywał aktyw PPR (od grudnia 1948 roku PZPR). Niepokornych usuwano z uczelni. Jednocześnie trwają skryte przygotowania do reformy systemu edukacji w Polsce. W jej ramach zdecydowano o wyłączeniu wszystkich wydziałów lekarskich z rodzimych uczelni i utworzeniu odrębnych Akademii Medycznych. Tak też się stało w Krakowie. Uniwersytet Jagielloński utracił wówczas Wydział Lekarski oraz Wydział Farmacji. Z dniem 1 styczna 1950 roku powstała Akademia Lekarska, niebawem przekształcona w Akademią Medyczną.
Uczelnia medyczna odtąd miała rozwijać się niezależnie od macierzystego uniwersytetu. Liczyła ona wówczas w sumie 24 katedry – 12 teoretyczne i 12 klinicznych. Akademię tworzyły Wydział Lekarski wraz z Oddziałem Stomatologicznym oraz Wydziałem Farmaceutycznym. Siedzibą władz AM stało się zabytkowe Kolegium Nowodworskiego przy ulicy św. Anny. Powołano do życia nowe placówki dydaktyczne, jak Studium Wojskowe, Studium Praktycznej Nauki Języków Obcych, Studium Wychowania Fizycznego oraz Bibliotekę Główną, dla której przewidziano siedzibę w Domu Towarzystwa Lekarskiego przy ulicy Reja 4 (dzisiaj Radziwiłłowska 4). Szpital św. Łazarza został przekształcony w Państwowy Szpital Kliniczny, któremu zamierzano podporządkować wszystkie obecne i przyszłe kliniki AM. Oddział Stomatologiczny składał sie z nowopowstałych katedr: Dentystyki Zachowawczej, Chirurgii Stomatologicznej, Protetyki Dentystycznej i Ortodoncji. Równocześnie od roku akademickiego 1950/51 wprowadzono stałe i obowiązkowe wykłady z „Podstaw Marksizmu i Leninizmu”, „O Polsce Współczesnej” oraz z „Ekonomii politycznej”.
Od początku lat 50. trwała modernizacja szeregu budynków zakładów teoretycznych i klinicznych. Dokańczano plany rozbudowy i wyposażenia Kliniki Ginekologiczno-Położniczej oraz Kliniki Otolaryngologii, które to plany pokrzyżowała wojna. Zdecydowano się na przebudowę i unowocześnienie Theatrum Anatomicum.
Z początkiem lat 60. pojawiają się plany daleko idących zmian. Z inicjatywy rektora prof. Leona Tochowicza (1897-1965) przygotowywany jest plan stworzenia kompleksu budynków, w którym pomieściłby się ogół klinik lekarskich i zakładów teoretycznych, jak również biblioteka , domy studenckie oraz obiekty socjalne. Ten przestrzennie wielki i zintegrowany system architektoniczny miał zajmować w sumie powierzchnię blisko 100 hektarów i być zlokalizowanym na obrzeżach ówczesnej aglomeracji miejskiej, w Prokocimiu. Przygotowane z rozmachem plany napotkały jednak na liczne trudności, a koszta przewidywanych inwestycji były ogromne. Niemniej jednak to właśnie na polach Prokocimia zaczęto już w roku 1961 wznosić niezwykle nowoczesny i doskonale wyposażony Instytut Pediatrii, dar Narodu Amerykańskiego . Uroczyste oddanie Instytutu dla potrzeb małych pacjentów miało miejsce w grudniu 1965 roku.
W roku 1964 obchodzono nadzwyczaj uroczyście 600-lecie powstania uniwersytetu fundacji kazimierzowskiej. Akademia Medyczna, pomimo że od blisko 15 lat znajdowała się juz poza wszechnicą Jagiellońską, podkreślała nadal łączące z nią tradycyjne związki. Staraniem prof. Bolesława Skarżyńskiego (1901-1963) powstała zbiorowa, dwutomowa praca zatytułowana „Sześćsetlecie medycyny krakowskiej”, która była wielkim hołdem złożonym historii Wydziału Lekarskiego.
W Latach 1965-1973 trwał dalej proces reorganizacji nauczania i centralizacji struktury zakładów AM. Powstaje wówczas szereg Instytutów, które grupują w sobie katedry i kliniki pokrewnych dyscyplin medycznych. I tak na przykład wspomniany już Instytut Pediatrii miał trzy kliniki pediatryczne i jedną chirurgii dziecięcej. Instytut Mikrobiologii liczył dwie katedry oraz pięć specjalistycznych zakładów. Z kolei Instytut Fizjologii składał się z trzech katedr.
W roku 1973, gdy uroczyście świętowano 500-lecie urodzin Mikołaja Kopernika zdecydowano się nadać krakowskiej AM imię wielkiego astronoma.
W roku 1976 powstał nowy Wydział Pielęgniarstwa. To właśnie w Krakowie jeszcze przed wybuchem II wojny światowej w 1911 roku utworzono Szkołę Pielęgniarstwa, która już w niepodległej Polsce w 1925 roku, została przekształcona w Uniwersytecką Szkołę Pielęgniarek i Higienistek. Jej działalność przerwał wybuch II wojny światowej. Po wojnie szkołę reaktywowano.
W roku 1978 rozpoczęto wznoszenie gmachu Biblioteki Głównej w Prokocimiu. Księgozbiór przeniesiono z ulicy Radziwiłłowskiej do pomieszczeń przy ulicy Anny 3. Budowę nowej biblioteki ukończono dopiero w roku 1984. Ostateczne przeniesienie zbiorów nastąpiło w roku 1985.
W latach 1978-1979 oddano do użytku kompleks domów studenckich w Prokocimiu.
W 1980 roku przeprowadzono istotną modernizację I Kliniki Chirurgicznej, oddając do użytku nowoczesny pawilon operacyjny.
W 1984 AM i UJ deklarują ścisłą współpracę w sprawach organizacyjnych i dydaktycznych „Uniwersytetu III Wieku”.
W 1985 roku powołano do życia Instytut Nauczania Klinicznego Akademii Medycznej w Krakowie, który powstał z przekształcenia działającego od roku 1970 pod patronatem AM w Krakowie Zespołu Nauczania Klinicznego.
W 1987 roku dokonano uroczystego otwarcia Ośrodka Rehabilitacji Leczniczej Dzieci w nowopowstałym pawilonie Instytutu Pediatrii AM w Prokocimiu. Była to nowoczesna, licząca wówczas 280 łóżek placówka. Na uroczystości obecny był ówczesny v-ce prezydent USA George Bush.
W latach 1989-1991 w związku z przemianami politycznymi w kraju następuje gruntowna reorganizacja struktury administracyjnej AM. Jednocześnie coraz częściej podnosi się możliwość powrotu nauk lekarskich w mury Uniwersytetu Jagiellońskiego.
12 maja 1993 oficjalnie, po 43 latach rozłąki nauki medyczne skupione w nowopowstałym Collegium Medicum stają się częścią Uniwersytetu Jagiellońskiego. Ostatni rektor AM prof. Andrzej Szczeklik zostaje pierwszym Prorektorem UJ d/s Collegium Medicum.
Dr hab. Ryszard Gryglewski