Początki Wydziału W roku 1364 Król Polski Kazimierz Wielki dał początek studium generale tym samym ustanawiając jeden z najstarszych uniwersytetów w środkowej Europie. Wśród historyków trwały i trwają po dzień dzisiejszy spory co do faktycznego kształtu uczelni i miejsca funkcjonowania jej wydziałów.
Anatomia Spośród wszystkich znanych nam dzisiaj specjalności lekarskich anatomia została z całości medycyny najwcześniej wyodrębniona, najdawniej uzyskała samodzielność. Będąc podstawą dla każdej teorii i każdego praktycznego czynu lekarskiego zyskała sobie miano "królowej medycyny".
Anatomia patologiczna Anatomia patologiczna, jako odrębna dyscyplina medycyny pojawia się stosunkowo późno. Ostatecznie nastąpiło to w połowie wieku XIX, w czym decydujące znaczenie odegrała szkoła stworzona i przez wiele lat kierowana przez Karla von Rokitansky'ego (1804-1878). Przeszła ona do historii jako tzw. Młodsza Szkoła Wiedeńska lub Druga Szkoła Wiedeńska. Dzięki decyzji Rady Wydziału Lekarskiego UJ już w 1850 roku rozpoczęła działalność Katedra i Zakład Anatomii Patologicznej, chociaż z dużymi kłopotami, gdy chodzi o zamianowanie jej profesora.
Biochemia Chemia, jako przedmiot nauczania, pojawił się stosunkowo późno, gdyż dopiero u schyłku XVIII stulecia, w dobie reformy Akademii Krakowskiej czynionej pod kierunkiem Hugona Kołłątaja. Pierwszym profesorem chemii naturalnej w wówczas już Szkole Głównej Koronnej został wychowanek wiedeńskiej uczelni Jan Jaśkiewicz (1749-1809). Zwolennik poglądów Antoine'a Lavoisiera dostrzegał konieczność nowoczesnego nauczania przedmiotów ścisłych, do których zaliczał chemię, z medycyną.
Fizjologia Fizjologia po raz pierwszy pojawia się jako odrębny przedmiot uniwersytecki w dobie reform kołłątajowskich, niemniej jednak nie zyskała jeszcze pełnej samodzielności. Dla Wincentego Szastera (1757-1816), któremu powierzono wykłady z anatomii i fizjologii, ta druga była zdecydowanie na dalszym planie.
Dermatologia Schorzenia skórne były przedmiotem zainteresowania lekarzy już od epoki starożytnej. Wyraźnie dostrzegalne nieuzbrojonym okiem stawały się przedmiotem dociekań medyków greckich i rzymskich. Szczególnego znaczenia nabrał ogląd zmian skórnych w czasach rozprzestrzeniania się trądu i dżumy. Wczesne wykrycie zmian występujących w ostrych chorobach zakaźnych mogło decydować o losach całej społeczności.
Okulistyka W Akademii Krakowskiej schorzenia oczu były przez wieki wykładane przy okazji szeroko pojętej patologii i terapii lekarskiej, stawały się przedmiotem opisów w zielnikach, a gałka oczna i mechanika procesu widzenia bywała nie raz podejmowana przez lekarzy podczas dysput. Okulistyka nie stanowiła jednak wyodrębnionego zagadnienia czy to poszukiwań badawczych, czy to akademickiego wykładu.
Medycyna Sądowa Za źródło zainteresowań medyczno-sądowych można przyjąć orzecznictwo lekarskie w przypadkach podejrzeń o otrucie. Nagłe i podejrzane zgony wymagały badania i opinii lekarza, który starał się określić przyczyny śmierci. Na ziemiach polskich już w średniowieczu z takimi przypadkami mamy do czynienia, co potwierdzają zachowane dokumenty.
Otolaryngologia W roku 1879 decyzją władz Wydziału Lekarskiego UJ i za zgodą władz w Wiedniu powierzono wykłady z wyodrębnionego przedmiotu laryngologii Przemysławowi Odrowążowi-Pieniążkowi (1850-1916), wówczas mianowanemu docentem tego przedmiotu. Pieniążek był absolwentem krakowskiej uczelni, którą ukończył w 1874 roku otrzymując wówczas dyplom doktora medycyny.
Ginekologia i Położnictwo Gdy odwołujemy się do historii ginekologii i położnictwa to przez stulecia odwołujemy się do historii chirurgii. Rękoczyn chirurgiczny miał przychodzić z pomocą wówczas i tylko wówczas, gdy zawiodły siły natury. W Krakowie, a za razem w Polsce, pierwszą katedrę położnictwa wyodrębniono w trakcie reformy Akademii Krakowskiej w 1780 roku. Jej kierownikiem mianowano Rafała Józefa Czerwiakowskiego, który stał na czele katedry chirurgii, oraz czasowo zastępował profesora anatomii.
Higiena i medycyna społeczna Problemy higieniczne były częścią medycyny od dawien dawna. Często stanowiły przedmiot zainteresowania lekarzy, patrzono na nie w kontekście zapobiegania i zwalczania epidemii czy utrzymywania warunków sanitarnych w większych zbiorowiskach ludzkich. I chociaż całe stulecia higiena nie była wyodrębniona miała stałe miejsce w teorii i praktyce lekarskiej, z czasem stanowiąc istotną część przedmiotu tzw. policji lekarskiej.